Hace unos 60.000 años por esta zona se instalaron en cuevas los primeros seres humanos (raza Neardhenthal). Vivían de la recoleción se frutos silvestres y de la caza.
Más tarde hacia el año 5.000 A.C. en los alrededores de Villanueva seguía habiendo asentamientos primitivos donde la piedra era su principal instrumento.Así se han encontrado hachas de piedra pulimentada a lo largo de todo el municipio Pilas de Cobos , La Alhaja , Fuente Pareja , El Cortijillo , El Capitán e incluso en la Cueva del Toro en El Torcal.
Empezaban a construirse sus propias cabañas y tenían conocimientos básicos en agricultura. También enterraban a los muertos.
Se han encontrado tumbas de esta época en Chaperas (Casabermeja) y en unos trabajos de explanación en el Cortijo de Gálvez.
Los Íberos hacia el año 200 A.C. construyeron el primer asentamiento urbano en nuestra comarca.Era la ciudad de Oscua que posteriormente sería una de la villas romanas. Oscua albergó las villas de recreo de los patricios romanos , teniendo templos , foro, teatro , etc, como lo prueban los restos arqueológicos encontrados en El Cerro León en un radio de más de 10 Kms.
También tendría su necrópolis. Todas las ciudades y villas romanas del entorno ( Nescania, Oscua, Singilia Barba,etc,) sufrieron el paso de distintas culturas y la invasión musulmana , desapareciendo todas, quedando tan sólo Antikaria que se convirtió en la Medina Antequira de los árabes.
En 1410. Nuestra comarca se vuelve a situar entre una encrucijada de caminos. Los monarcas cristianos presionaban fuertemente al reino de Granada mientras los reyes granadinos se hacen fuertes en Antequera, defendida por un cinturón de castillos, que a su vez facilitaba el paso seguro hacia la Medina Malagueña.
Los castillos de Cauche, Hins Almara y el cercano Xébar eran la llave de los tres pasos naturales hacia la costa. Tras cinco meses de lucha, el 4 de septiembre de 1.410 el Infante Don Fernando conquista Antequera. Rodrigo de Narváez, alcaide de Antequera, repara el castillo de Xébar dejando una guarnición de 100 caballeros y 100 peones.
Desde este momento Xébar se convierte en enclave fronterizo vinculado militarmente al alcaide antequerano; finalizada la guerra de Granada el Castillo pierde todo su valor militar y comienza el período de deterioro y ruina que llega a nuestros días. A mediados del XVIII se realizan en Málaga importantes obras públicas, entre la que destaca el "Camino Real", que unía Málaga y Madrid. En las cercanías de este camino nacen las primeras cocentraciones de casas que más adelante darían lugar a Villanueva de la Concepción.
Sobre 1786 se construyen unos puentes dada la dificultad que planteaba el terreno en los inviernos. Tal es el caso del Puente del León, el Puente del Horcajo y el de Arroyo Cauche.
Los asentamientos de la Cuesta del Palmar se constituyeron como una Villa rural por Decreto del Gobierno Civil de la provincia el 3 de Noviembre 1880, dando lugar a lo que es hoy Villanueva de la Concepción .
En el s. XIX surgieron más "Villas Nuevas" de este tipo en la zona Antequerano-Archidonesa.
Los primeros pobladores de nuestra localidad, tuvieron una serie de privilegios entre los que podemos destacar: Sus hijos estaban exentos del Servicio Militar. Tampoco pagaban Impuestos para facilitarles su apego a la tierra.
Con el paso de los años se llega al día 25 de Febrero de 1992 cuando el Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía le confiere la categoría de Entidad Local Menor, la primera por entonces en la provincia de Málaga y una de las primeras en Andalucía.
